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正常动物体内均保存肠道菌群。正常情形下肠道菌群与机体处于共生关系：一方面，宿主为正常菌群的生长和滋生提供营养和场合，并且差池它们爆发强烈的免疫反应(免疫耐受)；另一方面，菌群对宿主的康健和疾病至关主要，在宿主防御外源性熏染、增进免疫系统的成熟与平衡及营养与代谢等方面施展不可缺氨赡心理功效。

肠道菌群怎样施展东外细菌的对抗作用呢？
1)竞争营养物质和生涯空间：正常菌群在肠道内定值，与外来的病原菌和有害菌竞争营养物质、生涯空间，抑制病原菌的生长、滋生。
2)降低pH值：乳酸菌在体内发酵乳糖，爆发大宗的乳酸乙酸，可降低肠道局部pH值，改善微生态情形，抑菌或杀死肠道内的大肠菌、沙门菌、链球菌等；同时，低pH值有利于肠道蠕动，维持正常心理功效，阻止致病菌的定植。乳酸菌爆发的组织酸对革兰氏阴性菌作用更显着；乳酸菌自己尚有抑制病原体复制的作用。
3)爆发抗菌物质：如乳杆菌爆发过氧化氢，嗜酸乳杆菌爆发乳酸盐，有的细菌爆发低分子肽，肠道内的厌氧菌爆发未剖析的挥发性脂肪酸，戊酮，异丁酸，丁酸及醋酸都有很大抗菌力。